2006年度クラブ編成は下記の通りとなります。
●J1(18クラブ)
鹿島アントラーズ
浦和レッズ
大宮アルディージャ
ジェフユナイテッド千葉
FC東京
川崎フロンターレ
横浜F・マリノス
ヴァンフォーレ甲府
アルビレックス新潟
清水エスパルス
ジュビロ磐田
名古屋グランパスエイト
京都パープルサンガ
ガンバ大阪
セレッソ大阪
サンフレッチェ広島
アビスパ福岡
大分トリニータ
●J2(13クラブ)
コンサドーレ札幌
ベガルタ仙台
モンテディオ山形
水戸ホーリーホック
ザスパ草津
柏レイソル
東京ヴェルディ1969
横浜FC
湘南ベルマーレ
ヴィッセル神戸
徳島ヴォルティス
※愛媛FC
サガン鳥栖
※:新規入会クラブ
■新規入会クラブ
【法人名】株式会社愛媛FC
【チーム名】愛媛FC
【呼称】愛媛FC
以上