２００９年度クラブ編成は下記の通りとなります。
| 全36クラブ | Ｊ１（18クラブ） | Ｊ２（18クラブ） |
|---|---|---|
| コンサドーレ札幌 | モンテディオ山形 | コンサドーレ札幌 |
| ベガルタ仙台 | 鹿島アントラーズ | ベガルタ仙台 |
| モンテディオ山形 | 浦和レッズ | 水戸ホーリーホック |
| 鹿島アントラーズ | 大宮アルディージャ | 栃木ＳＣ ※ |
| 水戸ホーリーホック | ジェフユナイテッド千葉 | ザスパ草津 |
| 栃木ＳＣ ※ | 柏レイソル | 東京ヴェルディ |
| ザスパ草津 | ＦＣ東京 | 横浜ＦＣ |
| 浦和レッズ | 川崎フロンターレ | 湘南ベルマーレ |
| 大宮アルディージャ | 横浜 Ｆ・マリノス | ヴァンフォーレ甲府 |
| ジェフユナイテッド千葉 | アルビレックス新潟 | カターレ富山 ※ |
| 柏レイソル | 清水エスパルス | ＦＣ岐阜 |
| ＦＣ東京 | ジュビロ磐田 | セレッソ大阪 |
| 東京ヴェルディ | 名古屋グランパス | ファジアーノ岡山 ※ |
| 川崎フロンターレ | 京都サンガF.C. | 徳島ヴォルティス |
| 横浜 Ｆ・マリノス | ガンバ大阪 | 愛媛ＦＣ |
| 横浜ＦＣ | ヴィッセル神戸 | アビスパ福岡 |
| 湘南ベルマーレ | サンフレッチェ広島 | サガン鳥栖 |
| ヴァンフォーレ甲府 | 大分トリニータ | ロアッソ熊本 |
| アルビレックス新潟 | ||
| カターレ富山 ※ | ||
| 清水エスパルス | ||
| ジュビロ磐田 | ||
| 名古屋グランパス | ||
| ＦＣ岐阜 | ||
| 京都サンガF.C. | ||
| ガンバ大阪 | ||
| セレッソ大阪 | ||
| ヴィッセル神戸 | ||
| ファジアーノ岡山 ※ | ||
| サンフレッチェ広島 | ||
| 徳島ヴォルティス | ||
| 愛媛ＦＣ | ||
| アビスパ福岡 | ||
| サガン鳥栖 | ||
| ロアッソ熊本 | ||
| 大分トリニータ |
太字・下線：Ｊ１・Ｊ２入れ替えクラブ
※：新規入会クラブ
※：新規入会クラブ
