天皇杯は21日に準決勝の2試合が行われ、神戸と鹿島が決勝進出を果たした。
清水と対戦した神戸は、13分にアンドレス イニエスタのゴールで先制すると、33分に田中 順也が追加点をマーク。38分に1点を返されたものの、69分に古橋 亨梧が3点目を奪い、3-1と快勝を収めた。神戸は天皇杯で初の決勝進出となった。
長崎と対戦した鹿島は、開始4分にセルジーニョのゴールで先制すると、23分にオウンゴールで加点。37分に1点を返されたが73分にブエノが3点目を奪取。その後に1点を返されたものの追加点を許さず、3-2で逃げ切りを果たした。鹿島は3年ぶりのファイナル進出となった。
決勝は2020年の元旦、新しく生まれ変わった国立競技場で開催される。